时空日报 | Nat Med：临床有效的、持久的CD19 CAR-T细胞存在通用的转录特征

• 2023-07-07 21:01:07 来源：哔哩哔哩

大家好，欢迎观看《时空日报》第9期。本期追踪到时空/单细胞组学相关研究文章共计7篇。以下是应用华大时空StereoCopilot生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。

(资料图片仅供参考)

1、儿童白血病中与持续存在的CD19 CAR-T细胞相关的转录特征

Transcriptional signatures associated with persisting CD19 CAR-T cells in children with leukemia

Nature Medicine; IF: ; DOI: /s41591-023-02415-3

内容概要：通过高通量单细胞基因表达和T细胞受体测序，系统分析10例复发难治性儿童急性B淋巴细胞白血病（relapsed and refractory childhood pre-B cell acute lymphoblastic leukemia，R/R B-ALL）患者接受CD19 CAR-T细胞治疗后5年内的血液和骨髓样本，发现长寿命CAR-T细胞具有CD4/CD8双阴性表型和疲劳样记忆状态，并具有独特的转录特征。这种持久性特征在所有长期治疗反应良好的儿童中占主导地位，并在两名慢性淋巴细胞白血病成年患者中检测到。这些发现提出了一种可能性，即临床有效的、持久的CD19 CAR-T细胞存在通用的转录特征。

2、P53调节左心室压力超负荷时成纤维细胞增殖和纤维化的程度

P53 regulates the extent of fibroblast proliferation and fibrosis in left ventricle pressure overload

Circulation Research; IF: ; DOI: .320324

内容概要：使用转录因子Tcf21MerCreMer小鼠系进行成纤维细胞特异性谱系追踪和肿瘤蛋白p53（p53）心脏成纤维细胞敲除，结合组织生理学、scRNA-seq和体外研究，揭示了一种调节心脏成纤维细胞积累和细胞外基质分泌的机制，该机制部分是由p53依赖性细胞周期控制来调控左心室压力超负荷时纤维化的时间和程度。

3、营养不良肌肉的细胞和分子空间图谱

A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF: ; DOI:

内容概要：使用严重营养不良的D2-mdx小鼠模型，通过整合空间转录组和scRNA-seq数据集，生成了营养不良肌肉的高分辨率细胞和分子空间图谱，为研究杜氏肌肉营养不良症（Duchenne muscular dystrophy，DMD）生物学和治疗靶点发现提供了宝贵的资源。

4、定义驱动黑色素瘤转移的转录程序的增强子网络的体外定位

Ex vivo mapping of enhancer networks that define the transcriptional program driving melanoma metastasis

Molecular Oncology; IF: ; DOI: /

内容概要：通过对39名黑色素瘤患者进行全基因组分析，发现活性增强子（activity of enhancers，ENHs）的分布在疾病的不同阶段具有高度异质性。通过比较原发性黑色素瘤和转移性黑色素瘤病变的特征，重建了与黑色素瘤转移进展相关的超级ENHs和协同ENHs的图谱，并表明这些调控元件具有专业化和非冗余的功能，且存在着一种分层组织，其中超级ENHs是整个转录程序的主导者，而经典ENHs是执行者。

5、从预测、预防和个性化医学角度全面分析颅内动脉瘤的线粒体功能障碍和细胞坏死性凋亡

Comprehensive analysis of mitochondrial dysfunction and necroptosis in intracranial aneurysms from the perspective of predictive, preventative, and personalized  medicine

Apoptosis;  IF: ; DOI: /s10495-023-01865-x

内容概要：从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库中收集75个颅内动脉瘤（intracranial aneurysms，IAs）和37个对照样本的转录谱，并采用差异表达基因、加权基因共表达网络分析、最小绝对收缩和选择算子回归等方法筛选关键基因，结合机器学习和scRNA-seq，发现线粒体功能障碍和细胞坏死性凋亡在IAs形成中起重要作用，且在IA病变区的单核/巨噬细胞和血管平滑肌细胞中表达上调。线粒体诱导的坏死性凋亡可能是IA诊断、预防和治疗的新潜在靶点。

6、细胞外囊泡相关相关结核亚群和免疫细胞谱的分类和表征

Classification and characterisation of extracellular vesicles-related tuberculosis subgroups and immune cell profiles

Journal of Cellular and Molecular Medicine; IF: ; DOI:

内容概要：通过分析结核病（tuberculosis，TB）相关的细胞外囊泡（extracellular vesicles，EVs）的表达谱，结合机器学习和scRNA-seq，鉴定出20个差异表达基因，确定了9个EVs相关基因特征和2个EVs相关细胞亚群，并证实这些基因可作为新的生物标志物，用于区分TB和健康对照组。此外，通过CMap数据库预测了5种潜在的TB药物。

7、整合scRNA-seq分析揭示用于评估胃癌预后和药物敏感性的间充质干细胞相关特征

Integrated single-cell RNA sequencing analysis reveals a mesenchymal stem cell-associated signature for estimating prognosis and drug sensitivity in gastric cancer

Journal of Cancer Research and Clinical Oncology; IF: ; DOI: /s00432-023-05058-6

内容概要：通过分析胃癌（gastric cancer，GC）的scRNA-seq数据，鉴定出了与间充质干细胞相关的标志基因，并构建了一个包含7个基因的间充质干细胞预后标志物。该标志物可用于预测GC患者的预后，并反映抗肿瘤治疗的疗效。

《时空日报》是华大时空基于时空云平台STOmics Cloud的StereoCopilot功能板块，推出的聚焦于时空组学领域学术前沿的栏目。该栏目以实时、精准追踪时空组学前沿为目标，共享最新时空知识，助力生命科学和临床医学发展。

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